No ano de 1831, José de Lannes Dantas Brandão, acompanhado de sua esposa Rosauria Maria de Jesus, vindos da povoação de Arrepiados (hoje Araponga), descendo os rios Muriaé, Carangola e São Mateus, apossaram-se das terras existentes na região, situadas até o córrego de Bambuí. Desta forma teve início a colonização do atual município de Faria Lemos. Essas terras foram transferidas, mais tarde, para um português de nome Alberto, passando a constituir a Fazenda São Mateus.
Na segunda metade do século XIX, um grupo de cidadãos decidiu fundar uma povoação dentro daquele imóvel. Ante a relutância do proprietário, os Srs. José Moreira Carneiro, Francisco José da Silva, José Bento da Silva e o Major Américo de Lacerda, intimaram o mesmo a ceder uma gleba de terras para isso. Consta por tradição oral que, no trabalho de impor a ocupação, os fundadores chegaram a construir casas até mesmo durante a noite, para criar uma povoação em curto prazo.
Em 1880 a Fazenda São Mateus pertencia a Antônio Silvério da Rocha. Em 6 de julho de 1886, a Estrada de Ferro Alto-Muriahé inaugurou sua estação ferroviária na povoação. Por Provisão Episcopal de 20 de julho de 1887, foi autorizada a edificação de uma capela, tendo por orago São Mateus.
O terreno propício para a agricultura, principalmente arroz, milho, feijão e café, foram os fatores de fixação do homem branco na região.
O nome primitivo era São Mateus em alusão ao imóvel de onde se originou a cidade. O topônimo atual é uma homenagem ao então Presidente da Província de Minas Gerais, Francisco de Faria Lemos.
A Lei n.º 1039 de 12/12/1953, que emancipou o município.
